החלפת וירוסים
החלפת וירוסים הם הצורות הפשוטות ביותר של זיהום. הקוד המקורי נמחק ומוחלף בקוד זדוני חדש.
כאשר הקובץ שהוחלף מבוצע, הנגיף יכול לנסות לשכפל שוב. מכיוון שהחלפת וירוסים מוחקת את הקובץ המקורי כולו או חלקו, חיטוי שלהם אינו אפשרי. במקום זאת יש לשחזר אותם מגיבוי.
בעוד שהחלפת וירוסים מסוג זה הוגבלה בעיקר לעידן MS-DOS, אנו רואים כיום תוכנות זדוניות המחליפות קבצי מערכת (ועשויות לכלול חלק מהפונקציונליות של הקובץ המקורי) אך גם מפעילה תהליכים לא רצויים.